Durch den sogenannten Organisations- und Geschäftsverteilungsplan, der alljährlich neu gefasst wird, sind bei der Staatsanwaltschaft Münster insgesamt neun Abteilungen mit unterschiedlichen Aufgaben gebildet worden.
Während der Abteilung 1 Verwaltungs- und Organisationsaufgaben obliegen, sind die übrigen acht Abteilungen im operativen Ermittlungs- und Vollstreckungsgeschäft tätig.
Neben den vier Sonderabteilungen (II a, II b, III, IV, V) sind vier Gebietsabteilungen eingerichtet, in denen die übrigen Strafsachen aus dem Stadtgebiet Münster (Abteilung VI), dem Kreis Steinfurt (Abteilung VII), den Kreisen Coesfeld / Warendorf (Abteilung VIII) und dem Kreis Borken (Abteilung IX - Zweigstelle Bocholt ) bearbeitet werden.
Der Organisation- und Geschäftsverteilungsplan stellt sich wie folgt dar:
Abteilung I:
- Dienst- und Fachaufsicht
- Personalangelegenheiten
- Organisationsangelegenheiten
- Haushaltswesen
- Gebäudemanagement
- Sonstige Verwaltungsangelegenheiten
Abteilung II
Unterabteilung II a:
- Organisierte Kriminalität
- Umfangsverfahren
- Verfahren gegen Rechtsanwälte, Notare u.a. aus der Stadt Münster (J-M)
Unterabteilung II b:
- Verfahren gegen das Betäubungsmittelgesetz
Abteilung III:
- Kapitalsachen einschließlich erpresserischem Menschenraub und Geiselnahme
- Brandsachen einschließlich der Sprengstoffsachen
- Strafverfahren gegen Ärzte und weitere Angehörige von Heilberufen im Zusammenhang mit der Berufsausübung
Abteilung IV:
- Wirtschafts- und Steuerstrafsachen
- Korruptionsverfahren
- Verfahren gegen Rechtsanwälte, Notare u.a. aus der Stadt Münster (A-I)
Abteilung V:
- Politische Strafsachen
- Straftaten gegen die sexuelle Selbstbestimmung
- Umwelt- und Tierschutzsachen
- Pressestraf- und Immunitätssachen
- Auslandsrechtshilfe
- Datenschutz
Abteilung VI:
- Allgemeine Strafsachen aus der Stadt Münster
- Jugendstrafsachen aus der Stadt Münster
- Amtsanwaltliche Strafsachen aus der Stadt Münster
- Verfahren gegen Angehörige der Polizei aus der Stadt Münster
- Verfahren gegen Rechtsanwälte, Notare u.a. aus der Stadt Münster (R-Z)
- Owi- und Erzwingungshaftsachen aus der Stadt Münster
Abteilung VII:
- Allgemeine Strafsachen aus dem Kreis Steinfurt
- Jugendstrafsachen aus dem Kreis Steinfurt
- Amtsanwaltliche Strafsachen aus dem Kreis Steinfurt
- Verfahren gegen Angehörige der Polizei aus dem Kreis Steinfurt
- Verfahren gegen Rechtsanwälte, Notare u.a. aus dem Kreis Steinfurt
- Owi- und Erzwingungshaftsachen aus dem Kreis Steinfurt
Abteilung VIII:
- Allgemeine Strafsachen aus den Kreisen Coesfeld und Warendorf
- Jugendstrafsachen aus den Kreisen Coesfeld und Warendorf
- Amtsanwaltliche Strafsachen aus den Kreisen Coesfeld und Warendorf
- Verfahren gegen Angehörige der Polizei aus den Kreisen Coesfeld und Warendorf
- Verfahren gegen Rechtsanwälte, Notare u.a. aus den Kreisen Coesfeld und Warendorf
- Owi- und Erzwingungshaftsachen aus den Kreisen Coesfeld und Warendorf
Abteilung IX (Zweigstelle Bocholt):
- Allgemeine Strafsachen aus dem Kreis Borken
- Jugendstrafsachen aus dem Kreis Borken
- Amtsanwaltliche Strafsachen aus dem Kreis Borken
- Verfahren gegen Angehörige der Polizei aus dem Kreis Borken
- Verfahren gegen Rechtsanwälte, Notare u.a. aus dem Kreis Borken
- Verfahren gegen Rechtsanwälte, Notare u.a. aus der Stadt Münster (N-Q)
- Owi- und Erzwingungshaftsachen aus dem Kreis Borken